พระชลโธปมคุณมุนี อาพาธเป็นไข้ มรณภาพเมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2449[2] เวลาสามยามกับเศษ 1 นาฬิกา 25 นาที รวมสิริอายุได้ 89 ปี พรรษา 39 ถึงวันที่ 19 มกราคม ร.ศ. 126 (นับแบบปัจจุบันตรงกับ พ.ศ. 2451) พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวโปรดให้เจ้าพนักงานส่งหีบศิลาหน้าเพลิงไปพระราชทานเพลิงศพพระชลโธปมคุณมุนี และพระราชทานไตร 1 ไตร เงิน 100 เฟื้อง และผ้าขาว 2 สำรับ[3]